Synopsis : Ook in het het vervolg op de eerste X-Men-film moeten mutanten blijven strijden tegen een maatschappij die hen wantrouwt en schrik van hen heeft. Het wordt zelfs nog erger voor de mutanten na een ongelooflijke aanval, uitgevoerd door een nog nader te bepalen aanvaller met uitzonderlijke gaven. Deze verschrikkelijke aanval wakkert de politieke en publieke vraag naar een Mutant Registration Act en een anti-mutanten-beweging enkel maar aan. Die beweging wordt geleid door William Stryker, een ex-legerofficier, van wie het gerucht de ronde doet dat hij met mutanten geëxperimenteerd heeft. Stryker's 'werk' met mutanten is op een of andere maniet verbonden met Logan's mysterieuze en vergeten verleden. Terwijl Wolverine op zoek gaat naar zijn verleden, zet Stryker zijn anti-mutanten-programma in actie en lanceert hij een aanval op de woning van Xavier. Magneto, pas ontsnapt uit zijn plastieken gevangenis, stelt de X-Men voor om hun gemeenschappelijke vijand Stryker samen aan te pakken. Met het lot van professor Xavier, het mensen- en mutantenrijk in handen, staan de X-Men aan de vooravond van hun gevaarlijkste missie ooit !