Synopsis : De internationale superspionnen Gregorio (Antonio Banderas) en Ingrid Cortez (Carla Gugino) , waarvan iedereen dacht dat ze met de stiel hadden gekapt om met een gezin te beginnen, zijn opnieuw aan de oppervlakte gekomen maar werden opgepakt door de vijand. Zeven topagenten van de OSS worden eveneens vermist. Techno-bolleboos Fegan Floop (Alan Cumming) wordt ervan verdacht bij de zaak betrokken te zijn. Floop zou zich wel eens kunnen bedienen van tot nog toe ongekende metamorfosetechnieken. Het lot van de Cortez' en misschien wel van de hele wereld lijkt af te hangen van de moed en de daden van twee kinderen: Carmen (Alexa Vega) en Juni (Daryl Sabara) Cortez, die alleen nog maar de lagere school en videospelletjes kennen. Ze beschikken over een hele rist gadgets, zoals jet-packs, een ultralicht viegtuigje, onderzeescooters, elektroshock-kauwgum en vooral hun inventieve jonge geesten en de liefde voor hun ouders. Soms zijn grote helden klein van formaat.