Synopsis : De wereldberoemde onderwaterfilmer Steve Zissou en zijn crew, Team Zissou, hijsen de zeilen voor een expeditie op jacht naar de mysterieuze, bedrieglijke en mogelijk niet-bestaande jaguarhaai die Zissou's partner heeft gedood tijdens de opnames van hun laatste documentaire. Onderweg voegt een jonge copiloot zich bij hen, misschien wel Zissou's zoon, misschien ook niet, een knappe journaliste met de opdracht om over Zissou te schrijven en Zissou's vervreemde echtgenote en coproducente, Eleanor. Ze krijgen te kampen met overweldigende complicaties van piraterij over ontvoering tot bankroet.